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解答・解説

A.質問者が思っているように副詞節が主語になることは本来できません。しかし今回の質問のように、形の上ではbecause節を主語にしているような英文もよく見かけます。これについてはいくつか考え方があるかとは思いますが、次のように考えたらいかがでしょうか。
　Ex.1 Just because a couple isn’t talking to each other, it doesn’t mean they aren’t happy. つまりEx.1のように副詞節（Just because ~）の内容を代名詞itで受けるという形です。質問の英文では、このitが頭の中では意識されてはいるものの、形の上では省略され現れてこないと考えることもできます。
このように副詞節の内容をitで受けるというのは英語ではよくあることです。これはすでに本シリーズNo.116でもお話ししましたが、英文の文法的整合性を確保するためのitとも言えると思います。それは次のようなものです。
　Ex.2 It would be convenient if you come here at once.「すぐに来てくれたら都合が良いのですが」
　Ex.3 I like it when it rains.「僕は雨の日が好きだ」
Ex.2では、itをif ~の内容を受けた主語にすることによって、またEx.3のitがwhen ~の内容を目的語として受けることによって、文法的整合性を確保しているということです。つまり副詞節を主語や目的語にはできないことへの回避措置とも言えます。
また、because節を主語にするケースでは，今回のようにbecause節＋doesn't mean that…という形で、否定文で使われることが多いと言うことも頭に入れておいてください。